Les activités pédagogiques sont conventionnées avec la Direction des services départementaux de l'Education nationale. Le Cisalb et Aqualis bénéficient de l'aide d'un enseignant relais (Mme Prissimitzis Céline, professeur de SVT) qui se consacre à l'ajustement des activités au programme scolaire et au développement du projet "les ambassadeurs du lac du Bourget".
Ce sont près de 25 activités qui sont proposées pour partir à la découverte du grand et du petit cycle de l'eau sur le territoire lacustre. Le projet pédagogique de l'enseignant est décliné en un programme d'activités sur-mesure, accompagné d'une documentation pédagogique complémentaire.
L'ensemble de ces activités pédagogiques sont co-financées par l'Agence de l'eau Rhône Méditerranée Corse et le Cisalb.
