Les activités pédagogiques sont conventionnées avec la Direction des services départementaux de l'Education nationale. Le Cisalb et Aqualis bénéficient de l'aide d'un enseignant relais qui se consacre à l'ajustement des activités au programme scolaire et au développement du projet "les ambassadeurs du lac du Bourget".
Ce sont près de 25 activités qui sont proposées pour partir à la découverte du grand et du petit cycle de l'eau sur le territoire lacustre.Le projet pédagogique de l'enseignant est accompagné avec une documentation complémentaire et un programme d'activités sur-mesure.